Urodził się w Brazylii, ale od wielu lat jest obywatelem polskim. Edukację muzyczną rozpoczął w swoim rodzinnym mieście Fortaleza, kontynuował ją na Uniwersytecie Minas Gerais w Belo Horizonte, a następnie uzupełnił na wielu kursach mistrzowskich w swoim kraju oraz w The Juilliard School of Music w Nowym Jorku, Musikhochschule w Wiedniu i w Warszawskiej Akademii Muzycznej im. Fryderyka Chopina, gdzie ukończył studia z wyróżnieniem na Wydziale Kompozycji, Dyrygentury i Teorii Muzyki w klasie Henryka Czyża.
Po przyjeździe do Polski (1985), prawie natychmiast rozpoczął aktywną karierę dyrygencką. Poprowadził gościnnie wiele koncertów symfonicznych i kameralnych, a także przedstawień operowych i baletowych w niemal wszystkich ośrodkach muzycznych kraju i wielu krajach Europy, obu Ameryk i Azji. Występy Artysty spotykały się zarówno z ogromnym aplauzem publiczności, jak i wielkim uznaniem krytyki, która w wielu krajach nie wahała się go określić jednym z najlepszych dyrygentów swojego pokolenia.
José M. Florêncio sprawował funkcję stałego dyrygenta Teatru Wielkiego w Łodzi, był dyrektorem muzycznym Państwowej Opery we Wrocławiu, dyrektorem naczelnym i artystycznym Orkiestry i Chóru PRiTV w Krakowie, dyrygentem Teatru Wielkiego w Warszawie - Opery Narodowej, dyrektorem muzycznym Teatru Wielkiego im. Stanisława Moniuszki w Poznaniu oraz dyrektorem naczelnym i artystycznym Filharmonii Poznańskiej. Jest także dyrygentem Orquestra Sinfonica Municipal de Sao Paulo, a z początkiem sezonu 2007/2008 przyjął funkcję szefa dyrygenta Orkiestry Kameralnej Capella Bydgostiensis, zespołu Filharmonii Pomorskiej w Bydgoszczy.
Jest laureatem wielu nagród i odznaczeń, m. in. dwukrotnie zdobył nagrodę Złota Łódka za najlepsze spektakle teatralne roku: Ernani Verdiego w 1992 i Cavalleria rusticana Mascagniego w 1993 na scenie Teatru Wielkiego w Łodzi, laureatem nagrody krytyków muzycznych São Paulo dla najlepszego dyrygenta sezonu 1992 oraz laureatem prestiżowej nagrody Sereia de Ouro `97 Brazylijskiej Telewizji GLOBO dla osobowości świata kultury wnoszącej największy wkład w kształtowanie dobrego obrazu swego rodzinnego stanu Ceará w całym kraju, jak i poza jego granicami.
W swym dorobku artystycznym posiada zarówno wiele prawykonań utworów współczesnych, m.in. światowe prapremiery oper: Electra Mikisa Theodorakisa i Olga brazylijskiego kompozytora Jorge Antunesa, jak i Kantaty Holocaust Marty Ptaszyńskiej czy prawykonania utworów napisanych przez kompozytorów z wielu krajów świata (np. Polska, Francja, Izrael, Brazylia) dedykowanych jemu osobiście. Dokonał również wielu pierwszych nagrań CD najnowszej muzyki kompozytorów niemal z całego świata. Ostatnia płyta z muzyką francuskich kompozytorów H. Tomasiego i J. Bondona została oceniona pięcioma tzw. "diapazonami", czyli najwyższą oceną fonograficzną we Francji.
W kalendarzu José M. Florêncio, poza trwającą od lat intensywną współpracą z Teatrem Wielkim w Warszawie, Filharmonią Narodową, Narodową Orkiestrą Symfoniczną PR, orkiestrą Sinfonia Varsovia, z zespołami Filharmonii Pomorskiej i wszystkimi najważniejszymi orkiestrami w kraju, znalazły się zaproszenia od takich zespołów, jak: Jerusalem Symphony Orchestra, Israel Symphony Orchestra Rishon LeZion, Berliner Kammerorchester, Teatro Colón (Buenos Aires) i kilku innych zespołów z Francji, Turcji, Brazylii, Chin, Japonii czy Rosji. Spośród ważnych ostatnio zaproszeń warto podkreślić pobyt Artysty w Konserwatorium Moskiewskim, gdzie - jako pierwszy dyrygent z Polski w 160-letniej historii Konserwatorium - poprowadził kursy mistrzowskie dyrygentury i uroczysty koncert muzyki polsko-brazyljiskiej. Z tej okazji José M. Florêncio figuruje na liście tak wybitnych zaproszonych artystów jak Sir Georg Solti i Mścisław Rostropowicz.